雖然我國機床行業兩化融合取得了一定的效果，但還存在諸多方面的不足，具體來說有四個方面。
生產管理理念落后，制造環節信息技術應用水平低。目前，我國機床行業企業的生產方式和管理理念普遍落后，企業缺乏動力和條件發展生產制造環節的信息化，使得制造環節兩化融合水平成為機床企業提高生產效率和產品質量的瓶頸。綜合協同創新能力不足。
根據兩化融合評估結果，機床行業企業目前信息化單項應用的情況整體較好，信息集成應用也有了一定的規模和水平，但信息系統之間綜合集成、協同與創新的水平還有待提高。其中，規模較小的企業由于起步較晚、基礎投入不足、管理不規范等制約因素，實現綜合集成及協同與創新更加艱難。
缺乏適應行業需求的信息系統。信息系統是企業兩化融合建設的基礎，目前市場上缺乏較為適合機床企業的信息系統，使得兩化融合工作往往事倍功半，難以達到預期目標。行業標準滯后，兩化融合規范程度不足。適合機床行業的信息化建設標準對行業企業規范、深入推行兩化融合工作具有重要意義。
目前我國尚沒有統一的信息化標準規范，機床行業更是缺乏適用的兩化融合標準，這導致機床企業在單項系統應用中往往采用不同的建模標準和業務流程規范，使得各系統之間數據交換、銜接和協同集成困難重重。